Zeitgeist începe cu vizualizări abstracte animate, cu un montaj de imagini, un desen animat și citate audio despre spiritualitate, urmat de videoclipuri despre război, explozii și despre atacurile din 11 septembrie. Apoi apare pe ecran titlul filmului. Introducerea filmului se termină cu un fragment din monologul comicului George Carlin despre religie, monolog însoțit de un desen animat. Restul filmului este împărțit în trei părți și este narat de Peter Joseph.
Filmul documentar are 3 sectiuni:
În partea I din Zeitgeist se afirmă că religiile sunt povești care ne-au fost date despre zei, argumentând că religia creștină este în mod specific derivată din alte religii, din fapte astronomice, mituri astrologice și din diferite tradiții. În sprijinul ipotezei mitului lui Iisus, în această parte se susține că Iisus cel istoric este un hibrid literar și astrologic, cultivat politic în ultimii două mii de ani. Scrierile autoarei Acharya S, (mai ales lucrarea The Christ Conspiracy: The Greatest Story Ever Sold; Conspirația Hristos: cea mai mare poveste vândută vreodată), au fost folosite din plin în această primă parte a filmului. Acharya S. a acționat în calitate de consultant numai pentru partea I a filmului[
Partea a II-a a documentarului Zeitgeist folosește un montaj de imagini despre teoria conspirației pentru a susține că atacurile din 11 septembrie au fost fie orchestrate sau permise să se întâmple de către elemente din cadrul guvernului Statelor Unite, în scopul de a genera frică în masă, să inițieze și să justifice războiul împotriva terorismului, ca să furnizeze un pretext pentru reducerea libertăților civile și să genereze câștiguri economice. În partea a II-a se pretinde faptul că guvernul SUA știa dinainte de atacuri, că răspunsul militar a fost în mod deliberat să se lase avioanele să-și atingă obiectivele lor, iar clădirile World Trade Center au suferit o demolare controlată.
Partea a III-a susține că trei războaie ale Statelor Unite din secolul al XX-lea s-au purtat doar pentru câștigul economic a celor care sunt numiți în film drept bancherii internaționali. Filmul susține că anumite evenimente au fost proiectate ca motive pentru a intra în război, inclusiv scufundarea RMS Lusitania, atacul de la Pearl Harbor și incidentul din Golful Tonkin.
Potrivit filmului, Statele Unite au fost forțate de către Federal Reserve Bank să se implice în aceste războaie, nu cu scopul de a câștiga ci pentru a susține desfășurarea conflictului, acest lucru forțând guvernul SUA să împrumute bani de la bancă, ceea ce ar fi dus la creșterea profiturilor bancherilor internaționali. Filmul încearcă să pretindă că Federal Income Tax (Impozitul Federal pe Venit) este ilegal.